A agricultura biológica proíbe o uso de produtos químicos. De tal forma, que os ingredientes que são utilizados na elaboração destes produtos são obviamente, isentos de resíduos químicos que seriam susceptíveis de representar um risco, a longo prazo, para a organismo.
Segundo o relatório da Agência Francesa para a Segurança dos Alimentos (AFSSA), encontra-se nos produtos biológicos uma menor quantidade de nitrato (entre 30 e 50%) e de metais pesados, do que na agricultura convencional, devido às restrições legais subjacentes à agricultura biológica (proibição da aplicação de lamas de depuração, proibição de fertilizantes nitrogenados sintéticos à base de azoto, maior limitação na utilização de sais de cobre...).
Frutas e legumes cultivados na agricultura biológica contêm mais antioxidantes e têm níveis mais elevados de determinadas vitaminas, em particular a Vitamina C e alguns sais minerais, de acordo com o relatório da AFSSA.